El emblema de la Hermandad de la Santísima Cruz ha cambiado diversas veces desde su fundación. En los estatutos de 1885 ya encontramos el primer escudo de la Hermandad. Se trata de una cruz latina, situada sobre dos peldaños a modo de peana, y con un sudario sencillo sobre los dos brazos de la cruz. La Santa Cruz está en la parte central de un doble óvalo con la inscripción “Asociación de la Santísima Cruz – Gandia”.
En la refundación de la Hermandad en 1940, se conservó la forma ovalada del emblema, retirándole el segundo óvalo que había en el interior. La cruz central con el sudario se modifica, incorporando dos lanzas en forma de triángulo invertido, cuyo vértice inferior se sitúa a los pies de la Cruz. En este emblema de la refundación se le añadió una corona de espinas en la parte superior de la cruz.
Este escudo cambia en la década de los 50, utilizándose una simple cruz latina, en color negro, con el nombre de la Asociación debajo.
A partir del año 1953 se vuelve a utilizar el logotipo utilizado tras la refundación, incorporando edificios en su parte inferior derecha, que posiblemente representaban los edificios emblemáticos de la ciudad como la antigua muralla, el Palacio Ducal o la Colegiata de Gandia, insertándose todo el emblema dentro de un cuadrado,
El nuevo concepto del emblema se diseñó en el año 1956. Se trataba de un emblema en blanco y negro más moderno, menos recargado y más simple, que representaba a la Santísima Cruz, en representación de la cristiandad. El rombo central presentaba una capa monocolor negra, mientras que los brazos presentaban un tramado de líneas paralelas del mismo color.
Ya en el siglo XXI este mismo logotipo se transformó, estilizando sus líneas, adquiriendo los colores del cirial de los cofrades, azul para el rombo central y rojo para los brazos, y recuperando la leyenda que se utilizaba en la fundación alrededor de la Cruz: “Asociación de la Santísima Cruz – Gandia”.